Мне помогало использование LiveCD с Linux-ом
там определяешь, куда у тебя флешка подключена (например /dev/sda1)
а дальше в консоли cfdisk /dev/sda1
создаешь таблицу разделов (как на жестком диске) а в ней единственный раздел типа FAT. Затем перегружаешься под виндой и форматируешь как тебе нравится.
P.S. Windows по-умолчанию, форматирует флешку как Super-floppy, то есть большую дискетку, а работать с неё пытается, как с жестким диском. Отсюда и все проблемы.
www.knoppix.org