Спасибо всем кто откликнулся!
Конкретизирую: копирование производится через правый клик мыши копировать-вставить. Копировались папки с базами 1с, т.е. права одинаковые, часть dbf файлов оставалась, часть (порядка 5-7 %) исчезала.
Винда ставилась с лицензионного диска.
Касперский 6 со свежими базами, при обнаружении вируса спрашивает. Естественно, что девочка, которая рассказывала про подобную проблему у клиента, уверяла, что это страшный вирус, который удаляет документы прямо в базе 1с.

Есть подозрение, что проблема в винте, но как-то маловероятно. Если ничего не поможет, буду менять винты
