Да. С одной картой передать обработанный этой программой звук в какую либо другую программу штатными методами скорее всего не получится. Надо две карты. Или вторую виртуальную карту. И уже её выбирать в скайпе как микрофонный вход, а в программе обработки как выход. Для скайпа есть другие программы. Вот эта например:
http://blogs.msdn.com/b/rucoding4fun.../19/sk-pe.aspx
Сам не пробовал.